O dönemde "solculukla" ve "komünistlikle" suçlandı. 1948'de Dil Tarih Coğrafya Fakültesi'nin tasfiyesi sırasında Pertev Naili Boratav ve Behice Boran'la birlikte Niyazi Berkes'i görevinden uzaklaştırıldı. 1952'de Kanada McGill Üniversitesi'nde öğretim üyeliğine başladı. aynı üniversitede Türkiye'nin tarihsel ve toplumsal evrimiyle ilgili sayısız çalışmalar yapan Berkes, 1975 yılında emekli oldu ve Birleşik Krallık'a yerleşti.
Özellikle Türkiye'nin Osmanlı İmparatorluğu döneminden günümüze dek geçirdiği değişimler üzerine araştırmalar ve bunlara ek olarak da kuramsal toplumbilim çalışmaları yaptı. 1942'de yazdığı "Bazı Ankara Köyleri Üzerine Araştırma" adlı alan çalışması toplumbilim alanında Türkiye'de yayımlanan ilk monografilerden biridir.Türkiye'de Çağdaşlaşma (1973) adlı çalışması ise toplumbilim alanında en önemli yapıtlarından biridir.
Eserleri:
İnceleme Araştırma
Propaganda Nedir? (1942)
Siyasi Partiler (1964)
Türkiye' de Çağdaşlaşma (The Development of Secularism in Turkey, 1964)
Batıcılık, Ulusçuluk ve Toplumsal Devrimler (1965)
Arap Dünyasında İslamiyet, Milliyetçilik ve Sosyalizm (1969)
Türkiye İktisat Tarihi[3] Cilt 1, Cilt 2 (1969,1970)
Türk Düşününde Batı Sorunu (1975)
Atatürk ve Devrimler (1982)
Teokrasi ve Laiklik (1984)
Anı kitabı
Unutulan Yıllar
Gezi Kitabı
Asya Mektupları