2 Ocak 1917 tarihinde Mağusa'ya bağlı Ovgoroz (Ergazi) köyünde dünyaya geldi.
Kıbrıs Türk Lisesi'nden mezun oldu. 1936 yılında burs kazanarak Ankara Veteriner Fakültesi'ne başladı. aynı Fakültede Bakteriyoloji ve Salgın Hastalıkları ihtisası ve doktora yaptı. ikinci Dünya savaşı çıkınca Türk Silahlı kuvvetlerinde Teğmen olarak Edirne'de, Bursa'da ve Kırıkkale'de görev yaptı. Savaş bitince ABD'nin açtığı burs sınavlarını kazanarak ABD'ye gitti. 1947-1950 yılları arasında Amerika'da doktora üstü çalışma ve araştırmalarda bulundu.
Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde Mikrobiyoloji Doçenti ve Profesörü oldu, 1940-1958 yıllarında Veteriner teşkilâtında Merkez Veterinerliği, Laboratuar Şefliği, Enstitü Müdürlüğü, Şube Müdürlüğü, 1958-1982 yıllarında Kıbrıs'ta Veteriner Dairesi'nde Uzman, Bağdad Üniversitesi Veteriner Fakültesi'nde, Hacettepe Tıp Fakültesi'nde öğretim görevliliği ve öğretim üyeliği, Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Dekanlığı, Üniversite Rektör Vekilliği yaptı.
Eylül 1975 tarihinde “Kıbrıs'ta en akılcı sanayi üniversite kurmak olacaktır” teması ile dönemin Cumhurbaşkanı Rauf Denktaş'a ve Turan Feyzioğlu'na birer mektup yazarak günümüz Doğu Akdeniz Üniversitesinin temelini oluşturan “Yüksek Teknoloji Enstitüsü'nün kuruluş çalışmalarının başlatılmasını sağladı.
1982-1986 yılları arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi'nde Rektör, 1986-1992 yıllarında Kıbrıs Doğu Akdeniz Üniversitesi'nde Akademik Danışman, 1992 yılından itibaren yine Kuzey Kıbrıs'ta bulunan Yakın Doğu Üniversitesi'nde öğretim üyeliği, 1995-2003 yılları arasında Yakın Doğu Üniversitesi Rektörlüğü görevlerinde bulundu. Mikrobiyoloji alanında ve genel konularda yazılmış birçok makalesi, Ankara'da Mikrobiyoloji Derneği'nin çıkardığı "Mikrobiyoloji" dergisinde ve uluslararası çeşitli dergilerde yayımlandı.
Prof. Dr. İbrahim Hakkı Atun, kurucusu olduğu Van 100. Yıl Üniversitesi, Sivas Cumhuriyet Üniversitesi, Elazığ Veteriner Enstitüsü, Pendik Veteriner Enstitüsü gibi bilim yuvaları ve KKTC'nin Üniversiteler adası olmasının fikrini ortaya atan kişi olarak tanınıyordu.
13 kasım 2009 tarihinde Gazimağusa'da yaşamını yitirdi.
